Ein bajuwarisches Gräberfeld des fünften bis siebten Jahrhunderts wurde zu Beginn der 1970er Jahre in direkter Nähe des Dorfes von Archäologen erforscht, dabei fand man auch die Fundamente einer hölzernen, frühchristlichen Kirche. Bereits im neunten Jahrhundert wird Staubing im Zusammenhang mit einer Schenkung an das Regensburger Kloster St. Emmeram erstmals urkundlich erwähnt.
Ein großartiges Baudenkmal ist die weithin in den Auen der Donau sichtbare Staubinger katholische Kirche St. Stephan, deren erhöhte Lage in einem nahezu ringförmig ummauerten Kirchhof den mittelalterlichen Ursprung deutlich erkennen lässt und die bis zur Säkularisation eine Pfarrkirche des Klosters Weltenburg war. Das bestehende Gotteshaus ist ein Neubau der Rokoko-Epoche, der 1750-1752 von Martin Bader aus Rohr errichtet wurde und eine der qualitätsvollsten ländlichen Rokokobauten im ganzen Landkreis. Auf das noch mittelalterliche Turmuntergeschoß hatte Josef Bader bereits 1696 das Glockengeschoss mit geschwungenem Uhrengiebel errichtet.
