Aus der Barockzeit sind im Kelheimer Raum eindrucksvolle Bauwerke geblieben, zum Beispiel die von den Brüdern Asam gestaltete Klosterkirche der Benediktinerabtei Weltenburg. In den folgenden Jahrhunderten warteten jedoch unruhige Zeiten auf die Stadt. Im 18. Jahrhundert wurde Kelheim zweimal von den Österreichern besetzt. Ein Aufstand der Bürger unter Führung des Metzgermeisters Matthias Kraus konnte die Besatzer 1705 aus der Stadt vertreiben, doch der Erfolg war nur von kurzer Dauer. Die feindlichen Truppen kehrten zurück, der Aufstand wurde niedergeschlagen und Matthias Kraus bezahlte seinen Mut mit dem Leben. Ein Denkmal erinnert heute an den Anführer des Aufstands.
König Ludwigs Nationaldenkmal
Nach Besatzung und Plünderung in Kriegszeiten war die wirtschaftliche Situation in Kelheim im 19. Jahrhundert desolat. Erst die Entscheidung des bayerischen Königs, die Befreiungshalle auf dem Michelsberg zu errichten, war ein erster Schritt in eine hoffnungsvolle Zukunft.
Ein Monument auf dem Michelsberg
Vom österreichischen Erbfolgekrieg und den Napoleonischen Kriegen arg gebeutelt, verlor die Stadt im 19. Jahrhundert auch noch beinah alle ihre früheren Rechte. Auch die großen Eisenbahnlinien ließen Kelheim links liegen, was zur Verschlechterung der wirtschaftlichen Situation beitrug. Der eindrucksvollen landschaftlichen Umgebung konnte das alles natürlich nichts anhaben, und diese bewog König Ludwig I. von Bayern dazu, auf dem Michelsberg zwischen den Flusstälern der Donau und Altmühl ein Nationaldenkmal an den Sieg über Napoleon zu errichten. Von 1842 bis 1863 dauerten die Bauarbeiten an der Befreiungshalle, die heute das Wahrzeichen der Stadt Kelheim ist. Sechzig Meter hoch ist das monumentale Bauwerk, das der König vollständig aus eigener Tasche bezahlte.